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碩士班以發展及培育具實證與實務結合能力之高階運動醫學、運動防護及健康體適能相關領域之研究人才為課程設計及安排之主軸,課程內容涵括科學研究必修之課程以及各領域專業選修課程。
本系碩士班畢業學分為31學分,含必修11學分、選修14學分(需有8學分為本碩士班所開課程之學分)、碩士論文6學分。